В недалёком будущем учёным удается создать Альфа-костюм, предназначенный для путешествий во времени. Эйден Крон — главный злодей игры, отправляется в прошлое и изменяет его. Создав альтернативную вселенную, он становится там абсолютным правителем. Главный герой, (изначально — полковник Майкл Свифт, но в финальной версии игры герой анонимен, и игрок не слышит его голос) получает в свое распоряжение Бета-костюм (аналог Альфа-костюма, но предназначенный для военных целей) и отправляется в прошлое с целью остановить разрушительные действия Крона. Но из-за того, что Бета-костюм не был полностью закончен, и лаборатория взорвалась, точный прыжок во времени был невозможен. Герой попал в прошлое с опозданием во много лет по сравнению с Кроном. Теперь герою придется пробиваться к Крону силой.

Отличительной частью игры является возможность управлять временем. Используя эту способность игрок может легко расправляться с врагами и решать головоломки на своем пути. В распоряжении игрока находится: остановка времени, замедление времени и инверсия времени, которую можно эффективно использовать только в определённых ситуациях, в некоторых ситуациях эта опция вообще блокируется.